A organização interna da Subcomissão da Verdade na Democracia - Mães de Acari está orientada por três eixos centrais: pesquisa, memória e ação.

O primeiro eixo, referente à pesquisa, consiste em um levantamento de dados estatísticos, históricos e etnográficos sobre: execuções sumárias; torturas; desaparecimentos forçados; violações no campo; repressão aos movimentos sociais; e ameaças aos defensores de direitos humanos, entre outras violações ocorridas no estado do Rio de Janeiro entre 1988 e 2018. Esses trinta anos de graves violações também são interpelados à luz de temas transversais organizados em quatro grandes áreas: favelas e periferias (privilegiando o aspecto territorial da violência de Estado, como o campo, as favelas, a Baixada Fluminense, as áreas das UPPs etc.); espaços de privação de liberdade (centrados nas violações ocorridas em presídios, delegacias, instituições socioeducativas e psiquiátricas); alvos da violência de Estado (enfatizando o recorte socioeconômico das vítimas como raça, classe, gênero, idade etc.); e agentes da violência de Estado (recorte de amplo espectro que abrange agentes policiais, milicianos, juízes, promotores, a mídia, entre outros).

O segundo eixo, referente à memória, tem por objetivo desenvolver ações e incentivar políticas que promovam o reconhecimento da construção da memória coletiva como importante instrumento de luta contra as violações do Estado na democracia. Nesse sentido, a Subcomissão da Verdade na Democracia - Mães de Acari possui como uma de suas atividades essenciais a escuta de testemunhos individuais e coletivos. Tendo em conta a complexidade que integra tal escuta no tempo presente – a questão do sigilo, a atualidade da violação e a segurança daqueles que testemunham – a Subcomissão compreende o testemunho como ferramenta indispensável para a reparação psíquica das vítimas e familiares de vítimas da violência e para a construção da memória coletiva de nossa democracia. De maneira condizente ao compromisso de troca de saberes entre diferentes atores, a escuta de tais testemunhos será realizada com a participação de grupos organizados da sociedade civil, especialmente grupos de mães e familiares, visando não apenas incorporar ao trabalho a visão das vítimas diretas da violência de Estado como apoiar e fortalecer a constituição de redes de militantes.

Além dos testemunhos, que poderão ser públicos ou privados, serão desenvolvidas ações de intervenção no espaço público – tais como a formulação de projetos de lei para alteração de nomes de logradouros ou escolas que homenageiem ditadores e visitas in loco a espaços de privação de liberdade – para o reconhecimento das diferentes áreas da cidade e de diferentes instituições e dispositivos do Estado em suas relações com as violações aos direitos humanos. Por último, a dimensão da memória como instrumento de transformação social deverá incidir sobre a elaboração de políticas educacionais, no sentido de levar o tema dos direitos humanos para a sala de aula, estimular questionamentos mais profundos e promover a conscientização das novas gerações no que tange a temas como o racismo estrutural, o autoritarismo de Estado, a impunidade, entre tantos outros que constituem o problema da violência no Brasil no passado como no presente.

O terceiro eixo, de ação, propõe intervenções concretas na realidade social dos indivíduos, grupos e instituições que são afetados ou têm o dever de combater violações de direitos humanos. Nesse sentido, está dividido em quatro frentes que buscam uma associação entre distintos atores sociais situados em diferentes espaços. A frente de produção legislativa está organizada para a elaboração de projetos de lei cujos conteúdos serão orientados pelos diagnósticos da sociedade civil; já o comitê de monitoramento dos crimes de Estado pretende estabelecer um canal direto entre organizações e movimentos sociais junto a instâncias do Poder Judiciário e do Ministério Público a fim não só de monitorar sua conduta diante de violações, mas, também, de buscar sua responsabilização; por sua vez, a frente de reparação material e psíquica das vítimas se dedica a pensar estratégias que tornem possíveis a assistência financeira e psicológica dos grupos afetados; finalmente, o grupo de intervenções político-culturais privilegia ações no espaço público destinadas à conscientização, mobilização e pressão social na luta por verdade, memória e justiça.